تحدث تقرير هيئة الرقابة الادارية لسنة 2017 عن اداء المجلس الرئاسي لحكومة الوفاق الوطني حيث اوصح التقرير ان المجلس لم يقم باعداد خطة عمل تحدد السياسات للدولة وفقا لما نص عليه الاتفاق السياسي كما أنه لم يصدر هيكلا تنظيميا للمجلس على الرغم من تشكيل لجنة تتولى العمل عليه .
كما كشف التقرير ان المجلس لم يلتزم بإحالة محاضر اجتماعاته فور انتهائها لهيئة الرقابة الادارية وقد خالف القانون بهذا الفعل ، وان بعض اللجان لم تلتزم باحالة تقاريرها ونتائج أعمالها وفق المواعيد المحددة .
كما تحدث التقرير عن مخالفة المجلس في اصداره مجموعة من القرارات خارج اختصاصه ، ومن اختصاص مجلس الوزراء ، وعن عدم وجود لائحة ادارية او مالية تنظم عمل المجلس الامر الذي ترتب عليه تداخل في الاختصاصات .
اما فيما يخص المصروفات فقد تحدث التقرير عن مبالغة المجلس في المصروفات التسييرية دون وجود مبررات ويعتبر ذلك اهدار للمال العام ، كالحجوزات الفندقية دون اسس الامر الذي ترتب عليه التزامات مالية كبيرة تعذر تغطيتها من المخصصات المالية المحددة ، بالاضافة الى الطيران الخاص ، وشركات السفر والسياحة وقيام المجلس بتكليف اكثر من شركة للحجز ، وتأخر المجلس في اجراءات الجرد .
كما كشف تقرير الهيئة عن توسع المجلس الرئاسي في صرف العهد المالية واتخاد الاجراءات القانونية اللازمة لتسويتها بالمخالفة لقانون النظام المالي للدولة ، وعن تقصير المجلس في معالجة التسيب الاداري ، وعدم التزامه بتنفيذ الاحكام المتعلقة بايقاف تنفيذ بعض قراراته .
كما ذكر التقرير قيام المجلس باصدار بعض القرار المهمة دون عرضها في اجتماعاته ، ودون عرضها على لجنة شؤون الموظفين ، وكذلك اصداره لقرارات انشاء جامعات لا تخدم العملية التعليمية .